我想申请设施农用地，但县自然资源局说我的土地是基本农田，

根据《国土资源部、农业部关于进一步支持设施农业健康发展的通知》规定，设施农用地的性质属于农用地，按农用地管理，直接用于或者服务于农业生产，不需办理农用地转用审批手续；如果非农建设占用设施农用地的，应依法办理农用地转用审批手续。从事设施农业建设的，经营者要和土地所有权人和使用权人签订用地协议；协议签订后，乡镇政府应按要求及时将用地协议与设施建设方案报县级国土资源部门和农业部门备案；县级国土资源部门和农业部门应依据职能及时核实备案信息；如果不符合设施农用地有关规定，分别由国土资源部门和农业部门在15个工作日内，告知乡镇政府、农村集体经济组织及经营者，由乡镇政府督促纠正。法律依据：国土资源部、农业部下发《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》 二、积极支持设施农业发展用地 （一）设施农业用地按农用地管理。生产设施、附属设施和配套设施用地直接用于或者服务于农业生产，其性质属于农用地，按农用地管理，不需办理农用地转用审批手续。生产结束后，经营者应按要求进行土地复垦，占用耕地的应复垦为耕地。
非农建设占用设施农用地的，应依法办理农用地转用审批手续，农业设施兴建之前为耕地的，非农建设单位还应依法履行耕地占补平衡义务。
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1.申请使用设施用地的申请人向审批单位提出申请；2、国土员现场勘查，核实是否符合土地利用总体规划；3、报上级国土局审查；4、由上级国土局审批。农业生产经营者需申请设施农用地的，应拟定设施农业建设方案，内容包括项目名称、建设地点、用地面积，设施类型、数量、用地规模等，与土地所有者集体经济组织和土地承包经营权人签订用地协议。
养殖用地不用申请。国土资源部制定的法律依据：《全国土地分类》和《关于养殖占地如何处理的请示》规定：养殖用地属于农业用地，其上建造养殖用房不属于改变土地用途的行为，占用基本农田以外的耕地从事养殖业不再按照建设用地或者临时用地进行审批。应当充分尊重土地承包人的生产经营自主权，只要不破坏耕地的耕作层，不破坏耕种植条件，土地承包人可以自主决定将耕地用于养殖业。乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘。畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求。符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。
各省关于设施农业用地的规定
1.设施农业用地包括农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地。其中，作物种植设施用地包括作物生产和为生产服务的看护房、农资农机具存放场所等，以及与生产直接关联的烘干晾晒、分拣包装、保鲜存储等设施用地；畜禽水产养殖设施用地包括养殖生产及直接关联的粪污处置、检验检疫等设施用地，不包括屠宰和肉类加工场所用地等。
2.设施农业属于农业内部结构调整，可以使用一般耕地，不需落实占补平衡。种植设施不破坏耕地耕作层的，可以使用永久基本农田，不需补划；破坏耕地耕作层，但由于位置关系难以避让永久基本农田的，允许使用永久基本农田但必须补划。养殖设施原则上不得使用永久基本农田，涉及少量永久基本农田确实难以避让的，允许使用但必须补划。设施农业用地不再使用的，必须恢复原用途。设施农业用地被非农建设占用的，应依法办理建设用地审批手续，原地类为耕地的，应落实占补平衡。
《中华人民共和国土地管理法》第九条
国有土地和农民集体所有的土地，可以依法确定给单位或者个人使用。使用土地的单位和个人，有保护、管理和合理利用土地的义务